はじまり〜寂しい孤児から有名人へ〜
ハリー・ポッターは1歳で両親を失った孤児。ダーズリー家（亡くなった母の姉であるペチュニアおばさんとその夫のバーノンおじさん、ハリーと同い年の一人息子（つまり従兄）のダドリー）に引き取られて暮らしている少年です。体の小さいハリーは、学校では乱暴者のダドリーとその仲間たちからいじめられて過ごす日々。おじさんたちからも大切にされず、階段下の小さな物置部屋で眠っています。
誕生日には大量のプレゼントを買ってもらうダドリーに比べ、誕生日など祝われたこともないハリー。家では家事を任され、親戚が来てもテーブルに着かせてももらえず、完全に虐待されています。
そんなハリーの11歳の誕生日、ホグワーツ魔法魔術学校から突然手紙が来て、ハリーは自分が魔法使いであることを知ります。案内人として派遣されてきたホグワーツの森番ハグリッドから、ハリーの亡くなった両親も魔法使いで、ヴォルデモートという史上最強の闇の魔法使いに殺されて亡くなったのだと教えてもらうのでした。
ヴォルデモートは、両親は殺せたもののなぜかハリーを殺そうとした時に失敗し、今は肉体を失って魂となり復活の機会を待っているのだそう。ハリーは奇跡的に殺されることなく生き残ったため、魔法界では有名人だったのです。
ホグワーツ生活へ
あの地獄のような生活から救い出され、待ちに待った9月になり、ホグワーツに入学。ホグワーツは４つの寮があり、ハリーは両親と同じグリフィンドールに配属されました。ハリーはグリフィンドールでロンと仲良くなりますが、一方スリザリン寮のマルフォイとは対立します。また、スリザリンの寮監のスネイプ先生は、なぜかハリーのことを嫌いなよう。
（グリフィンドールは勇敢、レイブンクローは聡明、スリザリンは狡猾、ハッフルパフは勤勉（劣等生の寮とも。））
そんな中でも、魔法だらけの新しい学校で魔法をかける練習をしたり、親友ができたり、ダーズリー家から離れて新しい生活を楽しんでいました。ハリーの父親の名前を校内の展示で発見して嬉しくなったり。
ハロウィーンの事件
そんなある日、ロンが些細なことでハーマイオニーを泣かせてしまいました。その日はハロウィーンでしたが、ハーマイオニーはパーティーにも参加せず、トイレで泣いているそう。ロンたちは気にせず食事にありつきます。
しかしハローウィーンパーティーの最中、「トロール（怪物）が校内にいる！！」と、いつも何かに怯えている気弱なクィレル先生が血相を変えて走ってきました。
全員が避難する中、ハリーとロンは、トロールが女子トイレに向かうのを見かけ、ハーマイオニーが危ないと気づきます。
二人が咄嗟に女子トイレに飛び込むと、まさにトロールがトイレを破壊し、ハーマイオニーが悲鳴をあげて逃げ惑うところでした。二人は覚えたての魔法を駆使してなんとかトロールをやっつけ、ハーマイオニーを助けます。
まさにトロールを倒した瞬間、先生たちが次々と入ってきました。驚いて何事かと問う先生方に、いつもつんとすました優等生のハーマイオニーが嘘をついて罪をかぶり、先生に怒られてくれたのです。
この事件をきっかけに、ハリーとロンはハーマイオニーと仲良くなり、3人で行動するようになりますが、一方でこの一件以降、ホグワーツには何か危険なことがおこりそうな不穏な気配が漂い始めます。
怪しい誰かが暗い森の中でユニコーンの血を飲んでいたり、スネイプ先生が血だらけの足を隠していたり、スネイプ先生が人気のないところでクィレル先生を問い詰めていたり…そんな不穏なシーンをハリーたちは事あるごとに目撃し、何かが起ころうとしていると感じます。
ハリーがデビューしたクィディッチの試合では、急にハリーの箒が暴走し始め、その後ろでずっと呪文を唱えているスネイプ先生を見つけたり…。どうみても怪しいスネイプ先生。（笑）
スネイプ先生が何かを企んでる！そう結論に至った3人ですが、仲良しの森番ハグリッドに話しても真にうけてもらえず。
決行の日。賢者の石を守れ！
クリスマスの朝、ハリーにプレゼントとして透明マントが届きます。誰からかは書いてありませんでしたが、ハリーの父親のものだったと書かれた手紙がついていました。（このマントは７巻まで（厳密には19年後の「ハリーポッターと呪いの子」でも）たくさん活躍します。）
透明マントに隠れて情報を集め、ハグリッドの話やハーマイオニーの読書力を活かし、3人は、「賢者の石（philosopher's stone）」という、不死になる石をヴォルデモートが狙っており、そしてそれが現在ホグワーツに隠してあるということを知ります。
そして隠し場所への入り口もたまたま発見してしまった3人。
ヴォルデモートは肉体がないので、スネイプ先生がかわりに隠し場所へ忍び込み、石を盗んでヴォルデモートに渡すつもりだ、とわかった3人。何としてでも阻止しようと作戦を練ります。
ダンブルドアが留守の夜、決行は今日に違いないと悟った3人は、作戦を練って隠された入り口へと向かいますが、そこはすでに誰かが忍び込んだ後でした。
スネイプに先を越された！と、道を急ぐ3人は力をあわせ、次々と課されるミッションをクリアしてどんどん先へと進んでいきます。
しかし途中のミッションで次々とロンとハーマイオニーが脱落。「この先はハリーが一人で行くんだ」と背中を押されて最後は一人で進んでいくハリーは最後のミッションまでどうにかクリアします。
しかし、ついに最後の場所で対面したのは、スネイプ先生ではなく、あろうことかあの弱気なクィレル先生でした。
そしてクィレル先生がいつも巻いているターバンを外すと…先生の後頭部のあたりにはなんともう一つの顔が。それこそが、ヴォルデモートでした。肉体を失い、部下に寄生することしかできなくなり、クィレル先生の体を借りていたのです。
いつのまにかハリーのズボンのポケットの中に賢者の石が入っており、それを知ったクィレル先生がハリーに襲いかかってきます。
その拍子に石が転がり落ち、石を拾おうとするクィレル先生に殺されそうになったハリーは、自分の意思と関係なくなぜか無我夢中で先生の顔に両手を押し付けます。
すると、ハリーは自分でもよくわからない力を発揮し、先生の体はハリーの腫れたところから焦げてなくなってしまうのでした。
ハリーを包む愛の力
ダンブルドアは、あの不思議な力は、ハリーの母親が殺されたときに、命をかけてハリーにかけた愛の魔法が彼を守ったのだと教えます。ヴォルデモートは「愛」を知らず、それゆえ理解できないことがたくさんあるのだと。
そして、見るからにハリーを嫌っており、いかにも悪役顔、行動も怪しさ満載のスネイプ先生は、今回は悪者ではありませんでした。（初めて映画を見たときは、みんな騙されたのでは？）
クィレル先生を問い詰めていたり足を怪我していたのは、クィレル先生がヴォルデモートの部下で賢者の石を狙っていることにいち早く気づき、阻止するため。
怖そうな顔や、逆に弱くて優しそうな見た目に騙されてはいけませんね😏
ハリーの箒が暴走したときに呪文を唱えていたのは、実は、ハリーを殺そうと呪文を唱えていたクィレル先生に対抗して、反対呪文を必死で唱えてハリーを守っていたのでした。
あんなに面と向かってハリーを嫌うスネイプ先生が、悪の人間ではなかっただけでなくハリーを守っていたなんてどういうことでしょう。
この秘密こそが、7巻で明かされるのです。
学年末、ちょっと寂しいハリーは最後にハグリッドに抱きつきます。若かりし頃の両親の写真をもらい、夏休みがあければすぐにまたここに戻ってこれる、と、ホグワーツ特急に乗り、ダーズリー家へ帰っていきます。
